ในช่วงแรกเริ่มของสงครามซึ่งทั้งญี่ปุ่นและไทยยังไม่ได้ประกาศเข้าร่วมนั้น การค้าขายของไทยเป็นไปได้ด้วยดีเนื่องจากไทยเป็นแหล่งผลิตวัตถุดิบที่สำคัญแห่งหนึ่งที่ส่งให้แก่อุตสาหกรรมสงคราม ซึ่งอังกฤษต้องการนำเข้าจำนวนมาก ไม่ว่าจะเป็นข้าว ยางพารา และดีบุก (ตามเอกสารเลขที่ DAC007-000-001 เรื่อง การค้าในระหว่างสงคราม) แต่เมื่อไทยประกาศสงครามกับฝ่ายสัมพันธมิตรแล้ว การค้าที่เคยทำกับอังกฤษต้องหยุดลง แล้วหันมาทำการค้ากับญี่ปุ่นและประเทศในกำกับของญี่ปุ่นแทน และด้วยหลายปัจจัยก่อให้เกิดปัญหาเงินเฟ้อครั้งใหญ่ในประวัติศาสตร์การเงินไทย จนสิ้นสุดสงคราม และสืบเนื่องมาถึงหลังสงคราม อีกปัญหาใหญ่ประการหนึ่งที่ ธปท. ต้องเผชิญภายหลังสงคราม ก็คือ ฐานะการคลังของรัฐบาลที่เสื่อมถอยลง แม้ว่าในระยะแรกหลังสงคราม ฐานะการคลังจะยังไม่สู้ขาดดุลมากนัก และรัฐบาลก็พยายามปรับปรุงรายได้ รายจ่าย จนสามารถจัดงบประมาณเข้าสู่สมดุลได้ในปี 2491 เป็นปีแรก แต่ก็กระทำได้เพียงปีเดียวเท่านั้น ในช่วงปี 2492 - 2498 การขาดดุลการคลังได้ทวีความรุนแรงขึ้น เนื่องจากรัฐบาลต้องการที่จะเร่งรัดบูรณะฟื้นฟูเศรษฐกิจ ทำให้รายจ่ายด้านการลงทุนสูงขึ้น (ตามเอกสารเลขที่ DAC007-000-013 เรื่อง ร่างคำอธิบายการกู้เงินเพื่อใช้ในประเทศ) ผนวกกับความบกพร่องในวิธีงบประมาณที่ทำให้การจัดลำดับความสำคัญของรายจ่ายด้านต่าง ๆ ไม่เหมาะสมกับสถานะ ในช่วงแรกรัฐบาลได้กู้เงินจาก ธปท. เพื่อชดเชยการขาดดุลงบประมาณด้วยการออกตั๋วเงินคลังให้ ธปท. ถือไว้ ต่อมารัฐบาลได้เริ่มใช้วิธีเบิกเงินเกินบัญชีจากธนาคารแห่งประเทศไทยเป็นครั้งแรกในปี 2495 เพื่อแก้ไขเหตุการณ์เฉพาะหน้าที่มีรายได้เข้าคลังน้อยกว่ารายจ่าย โดยหวังว่าเมื่อรายได้เข้าสู่คลังแล้ว รัฐบาลจะสามารถชำระเงินคืนธนาคารแห่งประเทศไทยได้ แต่ปรากฏว่าไม่เป็นไปตามที่คาด และหนี้เงินเบิกเกินบัญชีนี้ได้เพิ่มขึ้นเรื่อยมาเป็นเวลาหลายปี รายได้ (ตามเอกสารเลขที่ DAC007-000-004 เรื่อง พระราชบัญญัติเงินกู้ในประเทศ พุทธศักราช 2489 เอกสารเลขที่ DAC007-000-005 เรื่อง พระราชบัญญัติกู้เงินเพื่อบูรณะประเทศ พ.ศ. 2489 เอกสารเลขที่ DAC007-000-006 เรื่อง พระราชบัญญัติกู้เงินในประเทศ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2489 และเอกสารเลขที่ DAC007-000-007 กฎกระทรวงการคลัง ออกตามความในพระราชบัญญัติกู้เงินในประเทศ (ฉบับที่ 2) พุทธศักราช 2489 เงินกู้ครั้งที่ 1) ธปท. จึงพยายามเสนอให้รัฐบาลตระหนักถึงภัยอันตรายต่อเสถียรภาพทางการเงินของประเทศอันเกิดมาจากการใช้จ่ายเงินเกินรายได้ของรัฐ (ผ่านการกู้ยืมโดยตรงจาก ธปท. ซึ่งมีผลเท่ากับการเพิ่มปริมาณเงินในระบบ) ด้วยการขอให้ปรับปรุงแก้ไขวิธีการงบประมาณ และเสนอว่าการรักษาเสถียรภาพทางการเงินที่ยั่งยืนนั้น จำเป็นต้องมีการประสานนโยบายกัน ทั้งนโยบายการเงินและการคลังอย่างใกล้ชิดและไม่ขัดแย้งกันเอง (ตามเอกสารเลขที่ DAC007-000-002 เรื่อง สถานการณ์การคลังและการเงิน และเอกสารเลขที่ DAC007-000-003 เรื่อง ร่างพระราชบัญญัติวิธีการคลัง พุทธศักราช 2489 DAC007-000-008 เรื่อง รายงานประจำปี พ.ศ. 2489 ภายหลังสงครามสิ้นสุด เอกสารเลขที่ DAC007-000-009 เรื่อง บันทึกความเห็นกรมบัญชีกลาง เอกสารเลขที่ DAC007-000-010 เรื่อง ร่างพระราชบัญญัติวิธีการคลัง พุทธศักราช 2490 เอกสารเลขที่ DAC007-000-011 เรื่อง พระราชบัญญัติวิธีการคลัง พุทธศักราช 2490 และเอกสารเลขที่ DAC007-000-012 เรื่อง พระราชบัญญัติเงินคงคลัง พ.ศ. 2491 เอกสารเลขที่ DAC007-000-014 เรื่อง นโยบายการเงิน และเอกสารเลขที่ DAC007-000-015 เรื่อง รายงานคณะกรรมการพิจารณาระบบการคลัง) ดังแสดงให้เห็นได้จากข้อความที่ปรากฏอยู่ในรายงานประจำปี 2497 ซึ่งถือได้ว่าเป็นจุดเริ่มต้นของการเน้นความจำเป็นที่จะต้องประสานนโยบายของทางการอย่างใกล้ชิด ทั้งนโยบายการเงิน นโยบายการคลัง และการค้าระหว่างประเทศ ดังนี้ “ธนาคารใคร่จะเสนอว่า นโยบายการเงิน การคลัง การค้าต่างประเทศ ตลอดจนการพัฒนาเศรษฐกิจของประเทศควรดำเนินต่อไปโดยความประสานกันอย่างใกล้ชิดและไม่ขัดแย้งกันเอง เป็นต้นว่า ในด้านการเงิน ความประสงค์ที่จะให้ปริมาณแห่งเงินอยู่ในสภาพที่เหมาะสมและไม่เฟ้อ ย่อมไม่อาจดำเนินไปได้ ถ้านโยบายการคลังทำให้ปริมาณเงินหมุนเวียนในมือประชาชนเพิ่มสูงขึ้นโดยรัฐบาลมีรายจ่ายท่วมรายได้ ในด้านนโยบายการค้าระหว่างประเทศ การรักษาความสมดุลแห่งดุลการชำระเงินโดยการส่งเสริมสินค้าขาออก และจำกัดสินค้าขาเข้าประเภทไม่จำเป็น ย่อมกระทำไปได้ยาก ในเมื่อปริมาณเงินที่เพิ่มขึ้นในมือประชาชน ย่อมเป็นเครื่องจูงใจให้ประชาชนจับจ่ายมากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะในประเภทสินค้าฟุ่มเฟือยจากต่างประเทศ และอัตราปริวรรตเงินตราต่างประเทศอยู่ในระดับที่ไม่ส่งเสริมสินค้าขาออกในด้านพัฒนาเศรษฐกิจของประเทศ ก็ควรส่งเสริมเฉพาะกิจการที่จะสามารถกระทำไปได้โดยมีสมรรถภาพ โดยได้มีการศึกษาและมีแผนการปฏิบัติดีแล้วโดยพร้อมมูล มิฉะนั้น ผลที่ได้รับก็จะไม่คุ้มกับรายจ่ายที่จะต้องเสียไป และการจ่ายเงินเป็นจำนวนมากในทางที่ไม่ก่อให้ผลผลิตเพิ่มขึ้นนั้น จะนำไปสู่ภาวะเงินเฟ้อต่อไปอีกด้วย”