วิกฤตการณ์ที่สำคัญครั้งแรกที่ส่งผลกระทบต่อความมั่นคงของระบบธนาคารพาณิชย์ไทย เกิดขึ้นในปี 2502 เนื่องจากธนาคารเกษตร จำกัด ประสบปัญหาการขยายสาขารวดเร็วเกินไป จนไม่สามารถบริหารสาขาและระดมเงินฝากให้เพียงพอต่อการขยายสินเชื่อ และเกิดปัญหาสภาพคล่องเนื่องจากมีหนี้สูญเป็นจำนวนมาก ในขณะเดียวกัน ในช่วงที่ธนาคารเกษตรประสบปัญหาทางการเงินนี้ ธนาคารมณฑล จำกัด ซึ่งเป็นธนาคารของรัฐมาตั้งแต่แรก ก็เกิดวิกฤตการณ์ต่อเนื่องมาตั้งแต่ปี 2495 โดยฐานะการเงินเสื่อมโทรมลงจนไม่สามารถชำระหนี้ เพราะมีเงินทุนไม่เพียงพอชดเชยกับภาระหนี้สูญ และมีเงินสดไม่พอจ่ายหนี้สินเงินฝาก จนกระทั่งในปี 2500 ถึง 2505 ไม่สามารถดำรงเงินสดสำรองให้ถูกต้องตามกฎหมายติดต่อกันเป็นเวลานาน (ตามเอกสารเลขที่ DAC009-000-002 ปัญหาของธนาคารมณฑล จำกัด) ธปท. จึงขอให้ธนาคารพาณิชย์อื่น และหน่วยราชการต่าง ๆ เช่น โรงงานยาสูบ นำเงินมาฝากเพื่อช่วยเหลือให้ธนาคารมณฑลดำเนินกิจการต่อไปได้ อย่างไรก็ตาม แม้ว่ารัฐบาลและ ธปท. จะได้เข้าดูแลแก้ไขปัญหาทางการเงินของธนาคารเกษตร จำกัด และธนาคารมณฑล จำกัด ไประยะหนึ่งแล้วก็ตาม แต่เนื่องจากปัญหาเรื้อรังในอดีต ทำให้การแก้ไขให้ธนาคารทั้งสองกลับมามีฐานะมั่นคงเป็นที่ไว้วางใจต้องใช้ระยะเวลานาน ดังนั้น ธนาคารแห่งประเทศไทยจึงได้เสนอต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังว่า ควรจะควบกิจการทั้งสองเข้าด้วยกัน เมื่อกระทรวงการคลังให้ความเห็นชอบตามข้อเสนอของ ธปท. ในวันที่ 14 มีนาคม 2509 จึงได้มีการควบกิจการของ ธนาคารเกษตร จำกัด และธนาคารมณฑล จำกัด เข้าด้วยกันและตั้งชื่อใหม่เป็น ธนาคารกรุงไทย จำกัด เป็นธนาคารพาณิชย์ของรัฐบาล (ตามเอกสารเลขที่ DAC009-000-001 การควบรวมกิจการของธนาคารมณฑลและธนาคารเกษตรเป็นธนาคารกรุงไทย)